中心设海洋地质与地球物理研究所、水下智能感知与海岛电力保障研究所、深海采矿与海洋工程研究所。每个研究所设立三个方向，分别为海洋地质、海洋地球物理、海洋测绘、水下智能感知、海岛电力保障、海工装备、海洋工程结构与材料、海洋生态环境及深海采矿。