中心是学校的直属二级机构，实行主任负责制。管理体制如下：

1.学术委员会

学术委员会是中心的学术咨询和决策机构，本中心学术委员会由相关领域国内外知名专家组成。学术委员会主任、副主任由学校聘任。学术委员会的主要职责包括规划和审议中心发展目标和重点创新研究方向，审议实验室重大学术活动，审议中心年度工作计划和年度研究报告，以及指导开展国内及国际学术交流等。

2.中心主任/副主任

中心设主任1名，负责实验室的发展规划、重大事务的决策、重要人员的任免等；设副主任2名，负责中心日常全面工作、对外交流、行政管理等工作。

3.综合办公室

主要负责中心日常管理和日常事务，包括中心管理制度与工作规程的起草与执行；学科建设管理、科研项目申报、科研项目管理、科研成果管理；实验设备、仪器、软件、设施的建设计划、购置、运行和统一管理；基本建设与维修改造、后勤保障、安全与环境卫生等工作。

4.研究所

中心设海洋地质与地球物理研究所、水下智能感知与海岛电力保障研究所、深海采矿与海洋工程研究所。研究所由一个或多个科研团队组成，实行首席科学家制，由首席科学家负责组织拟定有关研究方向的长期和近期规划，发挥集体优势、组织科研项目的申报与实施；组织各研究方向固定和临时科研人员的招聘。